Ellis ha tenido tantas denominaciones como funciones diversas a lo largo de su historia. Si en un inicio las tribus indias locales se referían a ella como " Kioshk" o "Gull Island", durante la etapa de colonización, pasó a conocerse como la "Isla de la Ostra" ("Ostery Island"). Su designación actual, pues, se remonta a la década de 1770, cuando Samuel Ellis se convirtió en su propietario.

En 1808 en Gobierno Federal compró la isla, destinándola a usos básicamente militares durante este periodo y, en especial, en el transcurso de la guerra de 1812 contra los ingleses, cuando fue convertida en fuerte.

Posteriormente, y a partir de la disposición del presidente Benjamin Harrison en 1890, Ellis se convirtió en la principal aduana de la ciudad. Entre 1892 y 1954 aproximadamente 12 millones de pasajeros, que llegaron a los Estados Unidos a través del puerto de Nueva York, fueron inspeccionados allí, tanto legal como médicamente. Se estima que tan solo un pequeño porcentaje fue deportado, formando éste un grupo integrado principalmente por polígamos, criminales, anarquistas y portadores de enfermedades infecciosas.

Durante la Primera Guerra Mundial el flujo de entrada de población disminuyó notablemente. Es en este momento, además, que el recinto es utilizado a la vez como lugar de reclusión de aquellos extranjeros considerados como enemigos o sospechosos.

Con la normalización del sistema de inmigración pierde su anterior función, siendo abandonada en noviembre de 1954.

El 11 de mayo de 1965, durante la presidencia de Lyndon Johnson, fue declarada parte del Monumento Nacional que conforma la Estatua de la Libertad.

Actualmente, pues, Ellis sigue siendo propiedad federal de los Estados de Nueva York y Nueva Jersey, si bien su uso se limita a funciones exclusivamente turísticas. El edificio principal es el único abierto al público de las tres docenas de construcciones existentes. Reabierto el 10 de Septiembre de 1990, después de una restauracíón total que costó más de 160 millones de dólares, el Inmigration Museum está dedicado a la memoria aquellos inmigrantes de tercera clase y al papel que este lugar tuvo durante el proceso de inmigración masiva de los siglos XIX y XX, al que nos hemos referido anteriormente.